電子發票的同意訊息與相關證明文件至少保存五年；已上傳整合服務平台的發票，加值中心原則上得免予另外提供媒體檔案。
電子發票保存規定有哪些？
依財政部電子發票實施作業要點，與電子發票保存相關的規定如下：
第九點：同意訊息與證明文件至少保存五年
電子發票的開立、更正、作廢、銷貨退回或折讓，應經買受人同意，營業人並應留存該同意訊息與相關證明文件，至少保存五年。
第十四點：已上傳整合服務平台者得免予提供媒體檔案
基於稅務調查需要，加值服務中心應免費提供交易憑證的媒體檔案給稽徵機關。但電子發票的開立、更正、作廢、折讓或退回資訊，已依規定時限交換或存證至整合服務平台者，除稅務調查過程有比對必要外，加值服務中心得免予提供前述媒體檔案。
使用 e首發票，電子發票媒體檔還要自己保存嗎？
e首發票會協助營業人於開立後 48 小時內，將電子發票上傳到財政部電子發票整合服務平台，符合第十四點「已依規定時限存證至整合服務平台」的條件。整合服務平台上已經有上傳的電子發票內容，因此原則上得免予另外提供媒體檔案。
e首發票查詢與媒體檔下載
e首發票提供會員載具與查詢介面，營業人可以查詢已開立的電子發票內容，並下載以下檔案，節省保存與查詢的時間與空間：
- 銷項發票申報媒體檔
- 發票明細檔（Excel）
- 發票彙總檔（Excel）
上圖為 e首發票的發票查詢與檔案下載畫面。
查詢期限與歷史資料存查服務
e首發票系統可查詢1 年內的發票資料，1 年前的資料會封存。若需要查詢 1 年前的發票資料，可加購【歷史資料存查服務】：
| 加購方式 | 費用（未稅） |
|---|---|
| 續約時加購 | 1,000 元／年 |
| 新增加購 | 2,500 元／年 |
發票內容相關的交易合約、訂單、出貨等證明文件，仍須由營業人自行保存，以佐證該筆發票的有效性。
電子發票保存常見問題 FAQ
電子發票要保存幾年？
依電子發票實施作業要點第九點，電子發票的開立、更正、作廢、銷貨退回或折讓，應經買受人同意，營業人須留存該同意訊息與相關證明文件，至少保存五年。
發票已上傳整合服務平台，還需要另外提供媒體檔案嗎？
依電子發票實施作業要點第十四點，電子發票資訊已依規定時限存證至整合服務平台者，除稅務調查過程有比對必要外，加值服務中心得免予提供媒體檔案。
e首發票可以查詢多久以前的發票？
e首發票系統可查詢 1 年內的發票資料，1 年前的資料會封存。查詢期間內可下載申報媒體檔，以及 Excel 格式的發票明細檔與發票彙總檔。
需要查詢 1 年前的發票資料怎麼辦？
可加購 e首發票【歷史資料存查服務】查詢 1 年前的發票資料。續約時加購為每年 1,000 元（未稅），新增加購為每年 2,500 元（未稅）。
使用 e首發票後，還有哪些文件要自己保存？
發票內容相關的交易合約、訂單、出貨等證明文件，仍須由營業人自行保存，用來佐證該筆電子發票的有效性，這些文件不會存放在 e首發票系統中。